1912年12月，新成立不足一年的中华民国举行国会选举，国民党在选战中大获全胜。国民党代理理事长、实际管理党务的宋教仁认为此其时也，意欲在此基础上组建清一色的政党内阁，然后出任内阁总理。1913年初，临时大总统袁世凯多次发电报，要求宋教仁来京商量重要政事。
宋教仁遗像。
1913年3月20日，宋教仁决定应袁之邀去北京。当晚10点45分，宋在上海北站检票口突遭枪击，击中要害，22日凌晨不治身亡。
没几天，上海警方和法国租界巡捕合力，抓获凶手武士英和雇凶者应桂馨。
应桂馨是青帮大佬，官方职位是江苏驻沪巡查长，以1000元雇失业军人武士英行凶。巡捕从应桂馨住处搜出大批文件，暴露出应桂馨的指使人是国务院内务部秘书洪述祖。查获的文件显示，洪又受命于国务总理赵秉均。赵是袁世凯的亲信，国民党人由此怀疑刺宋的幕后黑手就是袁世凯，虽然这缺乏直接证据。
根据现有史料，目前还难以断定谁是刺宋案的真正主使者。我们也可以大而化之地说，赵秉均和袁世凯都将宋教仁视作眼中钉肉中刺，必欲除之而后快。
首先，1912年8月，宋教仁成为中国第一大政党的党魁（国民党代理理事长）。随后，12月开始的第一届国会选举中，国民党获得了参众两院议员的多数席位。因此，宋教仁获得了组阁的资格，并有望出任内阁总理。
宋教仁的政治理想是建立一个责任内阁制的政体，从而可以达到架空袁世凯、独掌大权的目的。内阁制也是符合《中华民国临时约法》规定的。但是，让袁世凯做没有实权的橡皮图章，这个一代枭雄能轻易就范？他必然会有所行动，以确保权力掌握在自己手里。
宋教仁腹部中弹
再者，宋教仁进京组阁，当了总理，赵秉均情何以堪？根据国会选举结果，国民党成多数党，赵秉均必然失去总理宝座。如何阻止宋教仁北上，也是赵日思夜想的大事。
第三，宋教仁时年30岁左右，年轻气盛，才气逼人又骤得高位，那风头一时无二。他在1913年2月、3月到全国各地巡回演讲，为组阁造势。在此过程中，他讨论国事、猛烈批评袁世凯政府。在武汉，他抨击袁世凯政府“自取灭亡”，号召民众“再起来革命”。3月9日，在南京，宋斥责袁政府是“不依法行事的恶政府”。这些激烈的言辞，让袁世凯、赵秉均对他恨之入骨，难以容忍。
第四，袁世凯曾试图用金钱笼络宋，但宋不为所动。1912年夏，宋教仁卸任农林部总长之际，袁赠送50万元，被婉拒。还有一次，袁送宋教仁一本银行空白支票簿，请宋自由支取，宋略支少许即将支票簿退还。
如果宋教仁不可以收买，为了清除威胁自身权力的外在因素，袁肯定会不择手段的。
宋教仁身亡后所拍照片。黄兴主张衣冠齐整，以显示他的光明正大。
以上分析，意在说明袁世凯赵秉均都有刺宋的作案动机，至于谁是主谋，一时还说不清。著名历史学家唐德刚推断，事情的真相很可能是这样的：袁世凯当面向赵秉均表达了对宋教仁的不满，而赵揣摩上意，决定为领袖消除后顾之忧，于是让洪述祖如此这般去暗杀宋教仁。这种情况下，袁根本没有必要直接下命令，忠实的追随者都能心领神会的。
宋教仁毕竟是锋芒太露，缺乏政治经验。即便在他被刺之后的弥留时刻，也未曾怀疑过袁世凯。临死之前，他给袁拍发了一份电报：
北京袁大总统鉴：
仁本夜乘沪宁车赴京，敬谒钧座。十时四十五分在车站突被奸人自背后施枪弹，由腰上部入腹下部，势必至死。窃思仁自受教以来，即束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。清政不良，起任改革，亦重人道、守公理，不敢有毫权之见存。今国基未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心、布公道，竭力保障民权；俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。临死哀言，尚祈见纳。
这封电报字数不多，但哀怨动人，于此可见宋教仁的志向所在。宋无辜遇刺，不恨凶手当场跑掉，而恨“民福不增”；他没有嘱托缉拿真凶尽早破案，而是向袁建议“保障民权”“制定宪法”。临死，他心心念念的都是国家大事。
最后，交代一下刺宋案的结局。武士英被捕入狱之后，于1913年4月24日在狱中暴毙。1914年1月，应夔丞在由北京去天津的火车上被杀。1914年2月27日，赵秉均在天津私宅中蹊跷死去。洪述祖一度平安落地，避居青岛，但数年后他去上海，被宋教仁之子认出执送法院，1919年4月被法院判处绞刑。
国民党方面，孙中山主张武力讨伐袁世凯，黄兴主张法律解决，最终孙中山意见占上风，发起了“二次革命”，但不及两个月即失败，孙中山、黄兴等大佬逃亡海外。
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