国都是中央政府所在地，是全国的政治中心。首都建于何处，对于国家的安危，百姓苦乐、民族盛衰，发展前途，是有很大影响的。因此，都城建于何处是一个重大的政治课题和历史决策。
在《建都》篇中，黄宗羲认为明王朝的顷刻覆灭就在于都城的地理位置失利。黄宗羲将唐朝与明朝建都之所加以对比。他例举了唐代史事来印证：建都之所对国家发展的重要意义。如，“大国祚中急何代无之？安禄山之祸，玄宗幸蜀；吐藩之难，代宗幸映；朱池之乱，徳宗幸奉天；以汴京中原四达，就使有急而形势无所阻”，唐朝都城地势平坦通达，交通便利。在面临国运大乱时，唐代王公贵族和都城百姓从容避难，而后返国都，复兴王朝；在太平盛世，这都应归功于其都城地理位置绝佳，从而使三位皇帝得以，黄宗羲借此说明唐朝建都选址之正确。
明代毅宗皇帝却因都城在北京而＂孤悬绝北，音尘不贯，一时既不能出，出亦不能必达，故不得已而身殉社稷”。不仅如此，明代因建都之弊导致“上下精神散于寇至”，无心“治天下”。两相对比，优劣自明。
黄宗羲在《明夷待访录》中陈述一个国家建都选址的要点，经过对多个历史古都的对比，他点明：有王者起，当建都在南京。长安是中国历史上作为国都时间最长的城市，但黄宗羲认为长安不再适合做帝王之都，原因是时代。在秦汉时期，关中地区风气汇聚、周边的农业非常发达而且人口众多。在地形上来说长安也是易守难攻，作为都城足以睥睨东方。但是，随着时代的推移，南方通过一系列的努力与发展终于摆脱了“蛮夷之地”的称号，国家的经济重心已经开始像南方偏移，尤其在南宋之后的南方更是在经济上突飞猛进，而北方则始终战乱不断，经济衰弱，民不聊生，已不适合当做国都。所以在明朝末年来说，当时的吴越之地就是国家的金库，此为建都最适合之地。
未来蕴含于历史。“有王者起，将复何都？”在建都问题面前，自古以来国人会有两种想法：向前看和向后看。
“向前看”，即：将来向何处去。建都于何处，才有利于顺应时代发展的潮流，有利于国家民族的未来，有利于巩固统治。
“向后看”，即：以历代帝王建都的历史为立足点，封建帝国的古都认为关中是自古以来封建王朝的名都，人们历来将其作为封建帝国的象征加以囊扬，因而主张“还于故都”。可见，以此为立足点的人们，在建都问题士显然还没有摆脱封建主义思想体系的羁绊。
黄宗羲的论证，主要是针对封建主义陈旧保守的思想而展开的。黄宗羲认为取代燕京而成为都城的上乘之选应为金陵，因金陵人杰地灵，物产丰饶，交通便利。同时，他用“金库”作比来论证此观点。黄宗羲认为，金库里的储钱柜是最重要的，应该由自己守护，而不应该委托于仆人。奴仆、侍妾，应用来看守次要的门庭的。而金陵和燕京就分别对应着储钱柜和门庭，现在把燕京作为都城，就相当于自己去看守次要的门庭；弃置金陵不用，就相当于把储钱柜交由奴仆、侍妾去守护，那么必将大祸临头。黄宗羲的这个比喻通俗易懂，易使我们知晓他主张建都于金陵的缘由。
《建都》点晴之笔是：“时不同也！”明清之际，关中地区早已落后于东南。东南地区物产丰富、工商业和对外贸易、文化教育事业的日益繁荣，交通便利。黄宗羲出生、成长、游学、战斗江南地区的中心地带，对上述社会状况的体验是深刻的。通过历史的剖析和地域的对比，黄宗羲胸怀全局，面向未来，他坚信：金陵是未来理想的政治、经济、文化中心。
王朝的建都选址有其历史、政治、经济、军事、文化等各方面的考虑。黄宗羲的思想具有很大的历史局限性，因其简单地认为都城所在地就是王朝灭亡的缘由，论证存在偶然性，没有认识到内在的历史规律。但是，从黄宗羲在选址问题上特别注重经济因素，体现他爱国为民的高尚情怀，与其“天下为主”社会蓝图一脉相承。