黄芩的药用价值很高，它对生活中的许多疾病都有疗效，应用很广泛，是不可缺少的中药材。黄芩的药用价值如下：
抗菌作用：黄芩煎剂100%浓度，平板法试验，对痢疾杆菌、伤寒杆菌、副伤寒杆菌、霍乱弧菌、大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、葡萄球菌、溶血性琏球菌（a，B）、肺炎双球菌、白喉杆菌等有抑制作用。黄芩煎剂试管法试验1：1280 浓度可抑制伤寒杆菌、溶血性链球菌a，1：640 浓度抑制溶血性链球菌B，肺炎双球菌及福氏痢疾杆菌、人结核杆菌H37，1：320 浓度可抑制霍乱弧菌、志贺氏痢疾杆菌；1：80 浓度时宋内氏痢疾杆菌有抑制作用。黄芩醇浸液0.5g/ml或0。05g/ml，用琼脂斜面培养，药液与培养基1：1 混合，对绿脓杆菌有抑制作用。黄芩醇浸液2g/ml浓度，平皿法试验对大肠杆菌、桔草杆菌、金黄色葡萄球菌有抑制作用。黄芩煎剂、醇提剂1g/ml浓度，用平板法试验时对脑膜炎球菌均有抑作用。
抗真菌作用：黄芩煎液，试管斜面法试验4%浓度抑制狗小牙胞菌及堇色毛癣菌，8%浓度抑制许兰氏黄癣菌，10%浓度抑制许兰氏黄癣菌蒙古变种，15%浓度抑制共心性毛癣菌及铁锈色毛癣菌。黄芩水浸剂1：3浓度在试管内对堇色毛癣菌、同心性毛癣菌，许兰氏黄癣菌、奥杜盎氏小芽胞癣菌、羊毛样小芽胞癣菌、红色表皮癣菌、K、W、氏表皮癣菌、星形奴卡氏菌等有不同程度抑菌作用。
抗病毒作用：黄芩煎剂25-100%浓度，体外试验对乙型肝炎病毒DNA复制有抑制作用。
抗炎抗变态反应：黄芩70%乙醇提取物200，500mg/kg 灌胃黄芩素、黄芩甙、汉黄芩素50，100mg/kg 灌胃，可抑制醋酸引起的小鼠腹腔渗出增加，对48/80（一种化合物名称，Sigma 生产）引起的大鼠足肿也有抑制作用，黄芩70%乙醇提取物500mg/kg 灌胃，黄芩素、黄芩甙及汉黄芩素100mg/kg灌胃对大鼠佐剂性关节炎有抑制作用。黄芩水提物100，200mg/kg 灌胃，对大鼠被动皮肤过敏反应（PCA）有抑制作用，但对氯化苦引起的小鼠接触皮炎（耳肿胀）无明显影响。
对中枢神经系统的作用：黄芩煎剂4g/kg 腹腔注射，对小鼠防御性条件反射可使阳性反射时延长，而对非条件反射及分化无影响，说明黄芩可加强皮层抑制过程。黄芩煎剂2g/kg，对伤寒混合疫苗致热家兔有解热作用。但也有报道黄芩水煎剂或酒浸剂5-9g/只灌胃，或2g/只im，均不能证明黄芩对伤寒疫苗致热家兔有解热作用。
对心血管的作用：黄芩醇提液1g/kg静脉注射，可使麻醉犬血压下降。黄芩煎剂0。06g/kg 静脉注射，对麻醉犬有明显降压作用。黄芩素20mg/kg 静脉注射，可使麻醉犬血压下降40-50%。黄芩浸剂灌胃/kg 灌胃，3次/天，连续4周，使慢性肾性高血压犬血压下降，心率变慢。黄芩甙2×10（-4）mol/l，在豚鼠离体主动脉条、肺动脉条、气管条及右心房均有竞争性的拮抗肾上腺素，去甲肾上腺素及多巴胺引起的收缩作用，也拮抗异丙肾上腺素舒张气管和增加右心房自发频率作用，提示黄芩甙对a，B1，B2 受体均有阻断作用。
抗血小板聚集及抗凝：黄芩素、汉黄芩素、千层纸素A、黄芩黄酮Ⅱ及白杨素（chrysin）于浓度1。0mM时，均可抑制胶原诱导的大鼠血小板聚集，白杨素对ADP诱导的血小板聚集也有抑制作用，黄芩素及汉黄芩素对花生四烯酸诱导的血小板聚集也有抑制作用，黄芩素及黄芩甙对凝血酶诱导的纤维蛋白原转化为纤维蛋白也抑制；黄芩素及黄芩甙20，50mg/kg 灌胃，对内毒素诱导的大鼠弥漫性血管内凝血，可以防止血小板及纤维蛋白原含量的降低。
降血脂：黄芩水浸液10%2ml/只灌胃，连续给药7周，可使胆固醇喂饲的家兔血清胆固醇含量下降。黄芩素、黄芩甙100mg/kg 灌胃，可降低实验性高血脂大鼠玉米油-胆固醇-胆酸喂饲血清游离脂肪酸、甘油三酯及肝甘油三酯的含量，黄芩黄酮Ⅱ100mg/kg 灌胃，可降低血清总胆固醇及肝甘油三酯的含量，增加血清高密度脂蛋白-胆固醇（HDL-ch）的含量，汉黄芩素100mg/kg 灌胃，可防止肝甘油三酯的沉积并增加血清HDL-ch的含量。黄芩素、黄芩甙 100mg/kg 灌胃，对乙醇引起的高血脂大鼠，可降低肝总胆固醇、游离胆固醇及甘油三酯含量，汉黄芩素能降低血清甘油三酯的水平，黄芩素能增加血清HDL-ch含量。
保肝、利胆、抗氧化：黄芩甲醇提取物1000mg/kg 腹腔注射，对异硫氰酸萘酯（ANIT）引起的大鼠肝损害有抑制作用，可抑制血清胆红素的增加。黄芩醇提物50，100mg/kg，黄芩甙50，100mg/kg 灌胃，对家兔有利胆作用。汉黄芩素10（-4）-10（-6）mol/l 浓度体外试验，对大鼠肝微粒体脂质过氧化有抑制作用，使丙二醛（MDA）含量下降。黄芩素及黄芩甙2。5×10（-4）mol/l，1.0×10（-4）mol/l，汉黄芩素2.5×10（-4）mol/l，黄芩黄酮Ⅱ2。5×10（-4）mol/l，汉黄芩素-7-O-D葡萄糖醛酸2.5×10（-4）mol/l，1.0× 10（-4）mol/l，对FeC12-维生素C-ADP混合物诱导的大鼠肝匀浆脂质过氧化有抑制作用，使肝MDA的形成显著下降，对NADPH一ADP引起的脂质过氧化也抑制。
抗癌：黄芩醚提物对小鼠白血病L1210细胞有细胞毒作用，半数有效量为10.4mg/ml，黄芩黄酮Ⅱ对小鼠L1210 细胞的半数有效量 为1.5μg/ml，黄芩甙、黄芩素及汉黄芩素对L1210作用不显著。
其它作用：黄芩素10，20mg/kg 静脉注射，对麻醉犬有利尿作用。黄芩煎剂4g/kg 灌胃，对大鼠半乳糖性白内障有防治作用，可延缓白内障的形成。黄芩甙对大鼠晶体醛糖还原酶有抑制作用，其ID50 为1.81 × 10（-3）mg/ml。黄芩甙150mg/kg 灌胃，对链黑霉素引起的糖尿病大鼠血糖水平无明显下降，但红细胞山梨醇含量于治疗后显著降低，提示在动物体内也有抑制醛糖酶的作用，有可能用于糖尿病性并发症的防治。黄芩甙、黄芩素及汉黄芩素50-125μg/ml 对小鼠肝唾液酸酶有抑制作用。黄芩甙100mg/kg，葡萄糖醛酸43mg/kg皮下注射均可对抗士的宁引起的小鼠死亡，而甙元黄芩素无效，认为黄芩甙水解后的葡萄糖醛酸起的解毒作用。黄芩对PGs的代谢有较广泛的影响，水提物对PGs的生物合成有抑制作用。