明思宗刚即位后，有个叫黄宗羲的十八岁的青年，千里迢迢，从江南来到京师讼冤。黄宗羲字太冲，号南雷，余姚（今浙江省余姚县）人。他的父亲黄尊素是“东林党”名士，被魏忠贤诬陷致死。他这次来京，就是要替父亲申冤报仇的。当他抵达北京时，魏忠贤已经畏罪自杀。他于是上疏崇祯皇帝，要求将魏陶党羽全部除掉。崇桢帝接受了这个意见，开庭审讯魏阔“五彪”之一的许显纯，让黄宗羲当面对质。
许显纯就是当年将东林党领袖杨涟、左光斗诬陷致死的那个人，而黄尊素是杨涟、左光斗的好友。“仇人相见，分外眼红”，突然间，黄宗羲从衣袖中取出锥子，朝许显纯身上一顿乱扎，扎得他满身流血；又拔掉另一个闹党分子崔应元的胡须，拿回去祭祀黄尊素的神位。另一个阔党分子李实，百般辩解，并送三千两银子给黄宗羲，请求宗羲不要去对证他的罪行。宗羲立刻奏明皇帝，说：“时至今日，李实还敢贿赂公行，他的辩词岂能相信！”宗羲坚持当庭对质，又用锥子扎了李实一顿。
阎党的罪案判定后，黄宗羲带领各被害人的子弟，在监狱门前举行祭奠，啼哭之声传到皇宫里。崇桢帝听了，不禁感叹说：“这些忠臣孤子的悲哀，使我也不胜侧隐呢！”在京师报仇雪恨以后，黄宗羲回到家乡，潜心研究学问。他把家里藏的书都读完了，还把一些朋友家中的藏书，借来抄阅。
为此，他专门建了座“读抄堂”，作为抄书、读书、写书之用。到三十多岁时，黄宗羲已经是一位学识渊博、颇具独到见解的学者了。他很讨厌禁锢读书人思想的科举制度和八股文，并决定用自己的实践来改变这种学风。在黄宗羲的熏陶下，他的两个弟弟宗炎、宗介也名闻仕途。他们兄弟三人，被人们誉为“东浙三黄”。
清兵入关，南明建立。黄宗羲一面跟弘光朝中的奸候、死灰复燃的阔党分子阮大城等进行针锋相对的斗争，一面在家乡余姚招集数百名青年，组成“世忠营”（表示仿效南宋抗金英雄韩世忠），这支队伍后来发展至数千人。黄宗羲率领部众，在浙东一带长期坚持抗清斗争，有力地配合了张煌言、郑成功等人的军事行动。鲁王兵败逃入海岛，黄宗羲率众前去支持，被授予左副都御史之职。
尽管抗清活动紧张、艰苦，可宗羲坐在船中，给人讲学；一有闲暇，就注释授时、泰西、回回三部著名历书。后来鲁王政权覆灭，宗羲陪伴老母返回家乡，隐居下来，全力著作。四方之士前来求学，宗羲也热情地教导他们。他的道德、文章越来越为人们所景仰，名声也越来越大，学者尊称他为梨洲先生。