吴元年( 1367 年) 十月，朱元璋设立御史台以“纠察百司”，御史台设从一品之左、右御史大夫；正二品之御史中丞；从二品之侍御史；正三品之治书侍御史；正五品之殿中侍御史；正七品之察院监察御史；除此之外另有经历，都事，照磨、管勾等品级不一的官职。御史台是以“三院”为主体且品级较高、职权较大的中央监察机构，在明初其起到了纠察百官善恶及政治得失的重要作用，然而随着国家的稳定以及社会进一步的恢复和发展，长期以来权势日重的御史台便成为了朱元璋行政的“绊脚石”，因此，御史台也在朱元璋的刻意改革下逐渐发生了变化。
御史台的单一性
御史台设立之后，朱元璋以文原吉、范显祖为治书侍御史隶属台院；以安庆为殿中侍御史隶属殿院；以何士弘、吴去疾等为监察御史隶属察院。由于明代建国之初百废待兴、诸事繁杂，而相对可用的行政人才却极具缺乏。因此为了在有限的人力下更加高效地提升国家行政效率，朱元璋借鉴元朝，设置了和元朝一样的治书侍御史一职，其品级也和元朝基本相同，在一定程度上赋予台院更为广泛的职掌和更大的权力。
主要表现在：纠察弹劾包括中书省、御史台在内的各级官员。洪武二年，治书侍御史文原吉以“监察御史谢恕巡按松江以欺隐官租，逮系一百九十余人至京师多有称冤者”一事参劾其身为御史执法犯法。可以看出台院之下的侍御史等不仅能够弹劾其他百官，对于御史台自身内部也是可以互相纠察的；参与创制国家相关律令，同时参知国家政事。明建国之初，朱元璋即命作为律法监察机构的御史台参与到中书省定律令中，同时相关重要国事在议定时也需要听取御史台的建议；参与对储君的教育，兼职东宫。洪武元年，作为开国君主的朱元璋认为詹事等对太子的影响最为直接，因此在东宫教育方面开始没有采用元代以太子为中书令的制度，而是以经验丰富的勋旧兼领其职，以达到“父子一体，君臣一心”的效果。这其中就包括御史台台院官员；奉旨参与部分临时性事务。洪武四年和六年，侍御史商暠三次奉旨分别去往山东、北平、河南收集旧军士卒发往各地卫所；参与科举，访求人才。洪武元年，侍御史文原吉、起居注舍人魏观等奉旨访求全国人才。
明朝御史
由此可以看出，朱元璋在国家初创之时，为谋求国家政治稳定，不得不借鉴前朝之事，给予台院以高于其它两院的地位和权力。然而，朱元璋仅仅只是因为现实需要而提高了台院的地位，他并没有像元代那样将殿院和察院归于台院之下，仍然是三院并行且相互并无统属。
台院权力的急剧膨胀引起了朱元璋的担忧。洪武九年，朱元璋在完成了行省改为布政使司的地方改革后，将目光转向了御史台。九月，朱元璋以强制手段将原来的三院格局打破，将原属于台院、殿院的权力归并于地位相对较低的察院，从而使得御史台的“一院”体制得到确立。在朱元璋看来，“三院制”变成“一院制”、合诸御史职掌于察院等措施有利于削弱御史台在明政府中的职权与地位，更有利于朱元璋加强对百官的控制。
“汰中书省平章，参知政事，御史台侍御史，治书、殿中侍御史等官”--《明太祖实录》
朱元璋
三院合一后，监察御史的职掌逐渐扩大。至朱元璋罢御史台之前，除兼职东宫外，监察御史囊括了原来侍御史，治书、殿中侍御史的大部分职权。再加上其原有的职掌，察院之权日重。合并后的察院及监察御史的职掌主要包括以下几个方面: 第一，监察、弹劾朝廷内外各级官员。这是监察御史的基本也是根本职能。第二，监察御史以言官身份向皇帝谏议，对部分国事提供建议及方法等。第三，轮值登闻鼓。第四，负责礼仪监察，在朝会、庆典等场合纠察仪仗。第五，主持、监察科举考试。第六，监察御史奉旨外出巡察天下有司。除此之外，基于实际的需要，监察御史还担负部分临时性差遣，如奉旨外出奖赏有功将士、参与部分外交事务等。至此，御史台最终演变成为以察院为唯一组织基础的单一性中央监察机构。
监察御史
御史台的新变化
明王朝初期朱元璋仿元制设置御史台，御史台加上之前设置的中书省、大都督府，三者并称“三大府”，成为政府的最高中央机构。御史台长官为御史大夫和御史中丞，分别为从一品、正二品。明初的御史台并没有局限于前朝典籍所记载的权力范围内，而是在此基础上有所扩大。不仅包括部分行政、立法监察等权力，甚至连教育、礼制等方面也多有涉及。这既是明初国家建设的现实需要，同时亦有朱元璋本人主张权力制衡以及对官员不信任等自身因素的存在。
“国家新立，惟三大府总天下之政……御史台纠察百司，朝廷纪纲，尽系于此”--《明太祖实录》
在明王朝恢复社会生产并逐渐走向正常发展时，御史台带有这种全方位临时性模式的机构不可避免地会成为国家制度改革的障碍。因此，洪武九年朱元璋以御史台官制混乱为名，废除了职权较重的侍御史、治书侍御史、殿中侍御史等官员，台、殿、察三院合并。尽管三院合一后御史台的设置仍在，长官御史大夫和中丞的官品仍为从一品和正二品，然而御史台长官之下原有的从二、正三、正五品官员皆已消失不见。
明朝御史
御史台内部的调整也在一定程度上引起了其外部地位的变化。御史台的职能在洪武九年九月之后也开始逐渐萎缩，不复从前。以御史台为代表的“三大府”在朱元璋的意志下开始逐渐受到六部的制约，侧面表明“三大府”地位在逐渐下降，而六部的实际职掌则呈上升趋势。自此之后，御史台除保留纠察天下有司官民这一权力之外，只剩下了一些相对而言不太重要的礼仪性职责。
“诸司正佐首领每岁一考。岁终，布政使司呈中书省，监察御史、按察司呈御史台，俱送吏部纪录。”--《明太祖实录》
虽然“三大府”体制经过一改再改，但仍然不符合朱元璋自身强化皇权的需要，加之洪武十三年时朱元璋以中书省丞相胡惟庸叛乱的罪名将其处死，并宣布废中书省，同时革大都督府为五军都督府。原有的“三大府”，一个直接被废，另一个被迫肢解，剩下的御史台则成为了政府中品级最高的机构，这自然不是朱元璋愿意看到的。在此情况下，朱元璋从两方面来限制御史台，一是重新厘定御史台各官员的官级品秩。将六部尚书的地位提升至与御史中丞相同的正二品级，同时重新设立左右侍御史，但却降低其地位，为正四品，这样能在一定程度上避免品级“断层”所带来的尴尬；二是继续进行御史台的人事变动。原左御史大夫陈宁因卷入胡惟庸案被杀，致使左御史大夫一职空缺，然而朱元璋并没有打算让其他官员来接任此职，反而以年纪较大的安然任数年未提的右御史大夫，其中之深意不言自明。尽管如此，短短三日，原右御史大夫安然突然出任左御史中丞，左、右御史大夫皆无人接任。可以看出，在废除“二府”的背景之下，左、右御史大夫的地位显得过高，因此朱元璋以重新规划御史台内部左、右御史中丞及左、右侍御史设置的方式，通过具体的人事变动，达到了在暗中罢免御史大夫的目的。
胡惟庸
改革后的御史台长官有四员，然实际上只有左御史中丞安然在职。但朱元璋仍不放心，四个月后赐安然致仕，同时以年老赋闲在家多时的韩国公李善长总领御史台事。至此，御史台之长官等皆被罢设不立，负责实际御史台工作的只剩下地位较低的察院，因此御史台之罢设已毫无悬念。
“罢御史台及各道按察司”--《明太祖实录》
御史台改制后的政治影响
明初朱元璋对御史台的改革主要从内外两个方面进行。对内，因现实需要，朱元璋赋予台院以较大地位和职权。然其地位过高、权职过广，因此朱元璋以扶植察院的形式加以牵制。最终合三院于察院，使得御史台内部的单一性逐渐确立。对外，朱元璋在废除中书省后即对御史台进行政体改革，再加上具体的人事变动，一步步肢解御史台，从而导致御史台的外部地位逐渐衰落。这一强一弱的两个方面的演变，对明初皇权政治产生了重要影响。
御史台内部三院合一后，察院监察御史跳出了御史台原来所规定的权力范围。凡有违法乱纪、不合制度之事，御史皆可进行调查和弹劾，这也符合朱元璋在设立御史之初的需要。在这种情况下，御史台察院内部的每个御史的职权都相对扩大，上至天下有司，下至万方庶民，无一不在御史言官的监察之中。在朱元璋的主观意志下，监察御史等逐渐站在了朝廷其他官员的对立面上，且监察御史的职权来自于皇帝，牵制百官，因此其必然会受到皇帝的着重控制与管理，监察御史逐渐变成皇帝用于压制百官的有力武器。
御史
洪武九年后，朱元璋逐步降低御史台的外部地位。直至洪武十三年，御史台之长官为御史中丞，并最终也被罢去不设。这一系列变化体现出朱元璋试图建立一种“以小制大、以下制上、大小相制、上下相制”的监察体制，而这种体制存在的必要前提是监察机构外部地位的降低，即位卑权重。只有这样才能避免元末以来御史台因地位过高而“假公法，挟私愤，以相倾排”。因此，在洪武九年改革御史台之后，朱元璋才得以重用御史台察院来监察六部等其他官员。直至御史台被罢设而以地位更低的都察院来替代。这一监察机构的重新设计，既体现了朱元璋在体制上扫除一切危及皇权发展的潜在因素，同时也反映了其通过强化皇权，保证各机构间的权力制约和平衡，以此来达到维护皇权利益的主观倾向。