建文帝朱允炆是明太祖朱元璋的孙子，已故太子朱标的长子。朱元璋早年立长子朱标为皇太子，但是后来由于朱标早逝。朱元璋便改封长孙朱允炆为为皇太孙。让其在自己百年之后，继承皇位。
但是，对于朱元璋的这种安排，有一个人极为不满，他就是朱元璋的四儿子、燕王朱棣。
朱棣在朱元璋的众多儿子中才华最为出众，而且胸怀大志。起初他对父皇选立长兄朱标为太子不好说什么，但是朱标死后，朱元璋又立懦弱无能皇长孙朱允炆为太子，这引起了朱棣的强烈不满，他数次在朱元璋的面前诋毁朱允炆如何如何无能懦弱，绝非可托天下之人。朱元璋虽然心中也明白，论文武才华，四子朱棣都要远远高于长孙朱允炆。但是他为了维护自己确定下来的皇长子继承制度。他要坚决地支持朱允炆做自己的继承人。
洪武三十一年（公元1398年）七十一岁的朱元漳去世，依照它生前的安排由他便留下遗诏，由二十一岁的皇孙朱允继位，年号建文，也就是历史上的明惠帝。传说朱元璋临死之前，不放心朱允炆，便交给自己的贴身太监一个密匣，称如果皇太孙一生平安无事，不要打开这个匣子，如果发什么紧急情况，就打开这个匣子，它会告诉你怎么做。这是民间流传下来的一个传说故事，不知是真是假，但正是这些离奇的小故事，更加增添了建文帝下落的神秘色彩。
朱元璋在位之时，为了巩固大明王朝始终掌握在朱姓子孙的手中，他先后分封自己的子孙为藩王，分驻全国要害之地，这些分封藩王都手握重兵，称霸一方，在朱元璋在世之时，还倒是老老实实，不敢有什么非分之举。但朱元璋死后，他们根本不把懦弱无能的建文帝朱允炆放在眼里，个个飞扬跋扈，不服从中央政府的管辖。
为了解决地方藩王对中央皇权的威胁，建文帝采纳了齐泰、方孝孺等人的建议，厉行削藩之策。他先是派兵进抵开封，软禁了周王朱肃，然后将其废为平民；接着又发兵湖南、湖北除掉了岷王朱便、湘王朱柏，此后，又先后将齐王朱博、代王朱桂等人囚禁。
建文帝厉行削藩，地方藩王纷纷被削夺爵位，抑或被废为平民，抑或被禁为囚徒。一时间闹得是沸沸扬扬，怨声载道。这一措施严重损害了地方藩王们的切身利益，几乎所有的诸侯王都对此不满，尤其是手握重兵，觊觎帝位的燕王朱棣。 燕王朱棣早就有起兵反叛，夺取帝位之心，只是苦于没有很好的借口，这次建文帝削藩弄得天下诸侯怨声载道。这对燕王来说简直是一个千载难逢的好机会。
建文元年(1399年)七月,燕王朱棣以清君侧为借口发动了"靖难之役"。虽然名义上是要帮建文帝清除身边的奸臣，其实际上起兵反叛。燕王起兵之后，建文帝马上慌了手脚，急忙征调各地方的军队入京勤王。但是，由于建文削藩以来，地方诸侯已被他得罪殆尽，所以，地方诸侯纷纷投向燕王帐下，背叛建文。建文帝手下的文人不少，但没有多少可以带兵打仗的将帅之才。心腹齐泰、方孝孺等人也都是文人腐儒，虽满腹经纶，但也没有什么用处。就这样，燕王的军队没费多大的力气，很快就打到了南京城。建文帝见大势已去，下令火烧皇宫。燕王朱棣攻入皇宫之后，没有找到建文帝，便命人仔细搜查寻找建文，宫里的太监说说建文帝在万般无奈之下，跳入火中自焚了，并从火堆里找出一具尸体指认说是建文帝。朱棣假惺惺的痛哭一番，说自己只是要清理奸臣，并不是要皇上死。然后，以皇帝礼将其厚葬，但是，在正史的文献中，却没有任何有关建文帝陵寝的记载，而且后来的崇祯皇帝也曾亲口说过建文无陵。 因此，废墟中的那具焦尸到底是否就是建文帝，建文帝到底死没死，没死的话他又逃到了哪里？对于这一系列的问题，朱棣本人也持有怀疑，后世史家和民间传说更是众说纷纭，离奇万分。
一种说法认为，建文帝并没有死，而是逃出南京，到了贵州的一个寺庙当了和尚。据说，在燕王朱棣围城之后，建文帝叫天天不灵，叫地地不应，为防被俘受辱，建文帝决定自尽殉国。这时，突然有一个太监跑了过来，他告诉建文帝，太祖皇帝临终前曾经交给他一个密匣，并叮嘱他如果皇上遇到危难，可以打开匣子。建文帝听后，急忙命这个老太监取来密匣，打开一看，里面装有三套袈裟，三张度牒，一把剃刀，三张度牒上分别写着应贤、应能、应文三个名字。应文指的是建文帝朱炆，应贤、应能分别是指建文帝的心腹近臣杨应能、叶希贤。匣中还有一封信，上面写道"应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮，会于神乐观之西房"。建文帝一看，便明白这是太祖皇帝早就预料到自己会有今天，传此密匣，告知自己剃发为僧从密道出逃保命。按照密匣的指示建文剃发做了和尚，从鬼门逃出宫去开始了浪迹天涯的游行四方的僧人生活。 建文帝化妆出逃之后，皇后马氏为了掩护他，命令太监放火烧城，然后自己跳入火海，自焚而死。第二天朱棣攻入皇宫之后，搜寻建文帝的下落，太监、宫女们迫于压力，便谎称建文帝以自焚而死，并指认皇后的尸体就是建文帝，此时火中找出的尸体已被烧的面目全非，难以辨清，就这样朱棣信以为真，没再追究。
有人甚至还找到了建文帝出家后的隐居之所，贵州安顺平坝县境内的高峰寺。 据《平坝县志》记载：高峰山寺内斋堂地下有一个藏身洞，洞底有一块石碑上刻有"秀峰肇建文迹尘知空般若门。"的铭文，此外，寺中的另一块石碑上刻有开山祖师秀峰收留建文帝的经过。以此，后人推测此处就是建文帝出家之后的归宿之地。 建文帝归隐贵州高峰寺为一种说法，还有人认为，建文帝出逃之后没有去贵州，而是就近在在兰溪市东山上的一座古寺归隐，东山又名皇回山，是金华山脉的一支，寺院里的和尚世代口传建文帝在此削发隐跸的传说，并说寺院中还保留有建文帝的隐居之处和古碑遗迹。在寺院的大殿内，塑的是身穿袈裟的建文帝像，左右两旁分别为伴帝出家的杨应能、叶希贤两人，殿内的后壁绘有建文帝逊国出逃的路线。此外寺院内还保留有建文帝出家后所作的几首诗： "百官不知何处去，惟有群鸟早晚朝"；"尘心消尽无孝子，不受人间物色侵"。诗中意蕴饱含仓皇出逃，归于世外的无奈和忧伤，为建文帝归隐于此，又添一证据。
另外，还有一种比较流行的说法，就是建文帝从南京城逃出之后，辗转来到泉州，流落到海外，后来明成祖继位之后，派郑和下西洋，就是为了寻找流落海外的建文帝。 传说，建文从密道中逃出京城之后，见前往北方的道路大都被燕王的军队围阻，因此不得不化妆南下，辗转来到武昌罗汉寺。罗汉寺的住持达玄和尚，看过建文帝的度牒后，赶紧将建文引入寺中躲藏。过了一段时间后，建文帝等人见此处易于被燕王的爪牙发现，他们又在达玄和尚的指引之下做船前往泉州开元寺，然后辗转逃到海外。
据《泉州开元寺志》记载，当时泉州开元寺的住持念海和尚正是罗汉寺住持达玄和尚的弟子。建文帝来到泉州开元寺之后，便隐匿寺中，派人寻找出逃海外的机会。终于有一天，他们坐上了一个阿拉伯商人的货船，随行来到印度尼西亚的苏门达腊岛，开始在此隐居，据说，当地的华人，至今仍在每年农历五月十六建文帝登基那天，举行隆重的拜"皇爷"之礼。
关于建文帝的生死和下落自古至今一直众说纷纭，争论不休，对于此，每一种说法都只能说是一家之言，因为没有哪一种说法说自己有十分确凿的证据，说历史事实就是这样。也许建文帝的生死与下落真的如其它历史之谜一样，是一个永远也解不开的千古悬案。