《元史》成书以后，当时就有许多人不满意。明朝的徐一夔说：顺帝在位三十六年的事，既无“实录”可据，又没有参考书，只凭采访写成，恐怕史事未必核实。明成祖时命解缙改修《元史》，他写了《元史正误》一书。后来，参加纂修《元史》的朱右又写《元史拾遗》，许浩作《元史阐微》等，都是对《元史》的订正和补充。
清朝的学者，进一步对《元史》加以考证和改编，成果累累，象邰远平的《元史类稿》、魏源的《元史新编》、洪钧的《元史译文证补》、屠寄的《蒙兀儿史记》等；还有从《永乐大典》中辑出的《元朝秘史》。这些书籍对《元史》作了不少增补考证，但仍有许多遗漏。直到清末民初柯劭忞撰成了《新元史》，才有了一部差超人意的元代史书。
柯劭忞（1850—1933年）是清末民初的史学家、字凤荪，山东胶县人。光绪年间考取进士，曾任翰林院编修、京师大学堂总监督。民国初年，为废帝溥仪侍讲，以遗老自居；北洋军阀政府请他主持一些学术机构，他除接受主持纂修《清史稿》的职务外，其他都不肯承担。他一生用了较多的时间研究元史，成就以此为最大。
柯劭忞利用明清时期有关元史研究的新成果。又吸收了西方有关元史的资料和书籍，如法国人多桑著的《蒙古史》等书，对元史进行系统的研究。在此基础上，前后用了三十年时间，于1920年编撰成《新元史》。第二年，北洋军阀政府总统徐世昌，下令把《新元史》列入正史，1922年刊行于世。这样，原来国家承认的史书“二十四史”就成了“二十五史”。《新元史》成书以后，日本东京帝国大学授与柯劭忞名誉文学博士学位。除《新元史》外，柯劭忞还著有《新元史考证》等书。
《新元史》以《元史》为底本，斟酌损益，重加编撰。这是近代篇幅巨大的一部断代史。全书二百五十七卷，包括本纪二十六卷，表七卷，志七十卷，列传一百五十四卷。《新元史》的体例基本沿袭旧史，但也有一些改动。如本纪前增加一篇《序纪》，记述成吉思汗以前的史事，这同《金史》的本纪之前增加一篇《世纪》相仿。又如，在本纪的最后增加了元顺帝的儿子《昭宗纪》。《新元史》的内容比《元史》充实，它补充了元世祖以前的蒙古史事。柯劭忞修《新元史》时，利用了《元朝秘史》和《元史译文证补》。《元朝秘史》的底本叫作“忙豁仑纽察脱必赤颜”，忙豁仑是蒙古，纽察是秘密，脱必赤颜是总籍，合起来是《蒙古秘史》。原书是畏兀儿文，元仁宗时，由察罕译成蒙古文，藏在宫里，不让外人看。明太祖时，译成汉文，名之曰《元朝秘史》，清人钱大昕从《永乐大典》里把这部书的内容辑出来，这是我国保存的蒙古初期历史的唯一史料。《元史译文证补》是清朝人洪钧根据波斯人拉施特的《蒙古》和伊儿汗国的《黄金史》编写的。这样一来，柯劭忞就有可能在《新元史》中补充《元史》对世祖以前事迹的疏略。《新元史》还补充了北元时期的一部分历史，载述的截止时间延长到昭宗宣光八年（1378年）。《新元史》中增补了许多列传，象元朝初年不肯降元的一些英雄志士，尤其是元末农民大起义中的领袖人物，如韩林儿、徐寿辉、张士诚、陈友谅等，《新元史》都为他们一一列传，详述他们的事迹。对宋元之交在历史上起过重要作用的人物，如夏贵，也增立了传。夏贵是南宋大将，他以淮西三府、六州、三十六县投降元军，牵动宋军全线溃败。入元以后，他靠出卖民族利益换取参知政事等高官，但时间很短，仅三年就死了。《宋史》以他是降元的官，没给他列传；《元史》以他在元朝没有事迹，也没为他立传。《新元史》考虑他在元宋战争中的重大作用，增补了《夏贵传》。这个传的增补，对向后世人进行民族气节教育，也很有意义。此外，《新元史》对成吉思汗至蒙哥时期蒙古经营西域的内容、四大汗国盛衰兴亡的情况等，记载得也比《元史》详细。
《新元史》还纠正了《元史》的错误。《元史》中一人两传的不少，如速不台与雪不台本是一人，完者都与完者拔都是一人，石抹也先与石抹阿辛是一个人，《元史》中都列有两传，《新元史》则纠正了这个错误。《元史》的列传编排不合理，如元末人泰不华等人的列传之后，又接上元初耶律楚材等人的列传，《新元史》按照时代先后，做了合理的调整。
总之，《新元史》集明、清学者研究元史之大成，以一人之力成此巨著，功不可没。近人李思纯在《元史学》中说：“其书（指《新元史》）兼具全部改造与详备博赡之二种长处。中国元史学之有柯劭忞，正如集百川之归流以成大海，集众土之积累以成高峰。”这话不免有些溢美。不过《新元史》的确是研究元代历史的一部重要的、有价值的参考书。
当然，《新元史》也存在一些不足。最大的缺点是没有编《艺文志》，而且书中所引用的新资料，都没有注明出处，以致后人研究元史时，用它的史料深感不便。柯劭忞修的《新元史》仍脱不出历代旧史的重修办法，叠床架屋，卷帙浩繁；加之书首没有《叙例》，让人看不出他著书的义例。此外，《释老传》里没有补上回教传和耶教传，马可·波罗等人在元朝的活动，也没有写入，这些都是《新元史》的不足。
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