第一，在对金问题上，袁崇焕是主和派，不是主战派。他主掌辽东之后，对后金实行绥靖政策，跟皇太极私下频繁接触。皇太极带人绕过山海关兵临北京城下，袁崇焕帅众回援，事后在他的军营里抓到好几个喇嘛，这些喇嘛就是皇太极和袁崇焕谈判的中间人。而袁崇焕和皇太极私下接触是没有经过崇祯皇帝和朝中重要大员授权的。至于二人谈了些啥，史无确载，但是袁崇焕的确向后金卖了一批物资以示谈和诚意，这些被皇太极派人故意透露给崇祯，也就是后来清人修《明史》时说的“反间计”的主要证据。
袁崇焕为啥要议和，因为大明军队一来战斗力差，硬刚后金这帮辫子军肯定是干不过，天启年间熊廷弼战败就是前车之鉴。二来大明王朝缺钱，打仗是要烧钱的。三来农民起义军闹的很凶，需要加大征剿力度。所以袁崇焕意思是，暂时跟后金谈和，让他们从内部自己先乱起来。后金是个部落联盟，部落之间经过多年征战厮杀抢地盘，都有世仇，比如爱新觉罗氏和叶赫那拉氏。只要强势的联盟首领一死，这帮家伙不打自乱。努尔哈赤死了之后，后金内部就乱了一阵，后来皇太极还被弟弟多尔衮干掉，这些事实都证明袁崇焕的考量是正确的。
这么搞其实就是后来被吹捧为圣贤的曾国藩在平定太平天国时总结的六个字：结硬寨，打呆仗。反正有几万关宁铁骑虎着红衣大炮在山海关，后金辫子兵肯定进不来。慢慢耗，耗死你。但是袁崇焕忘了他跟崇祯立下的军令状：三年平辽，五年灭金。想要灭金，就得主动出击，指望耗着看谁命长，三五年肯定解决不了问题。所以袁崇焕的闭关不出被朝中清流攻击的很厉害，但是有熊廷弼前车之鉴，崇祯也没有下达让袁崇焕出战的命令，给他顶住了各方压力。再说了崇祯和袁崇焕立法三章，绝不干涉袁崇焕在辽东的任何行动，九五之尊一言九鼎，一直隐忍不发，其实心中早就老大不满意了。
第二，擅杀毛文龙。这个问题早就被人说烂了，不管怎么说，袁崇焕此事做的欠妥。
首先，袁崇焕没有杀死毛文龙的权力，毛文龙姑且不是十恶不赦，即使犯了十恶不赦之罪，也得交给崇祯发落，袁崇焕没有这个权力。否则的话不就乱套了，任何一个朝廷大员都有资格杀死另一个不听话的朝廷大员，置国法于何地。毛文龙有没有罪，需要大明朝的司法机构三堂会审，不是袁崇焕说啥就是啥。
其次，毛文龙是主战派，不是主和派。毛文龙为啥主战，因为他盘踞的皮岛就靠打仗活着，他手下这帮骄兵悍将也靠打仗活着。如果朝廷和后金议和成功，那么毛文龙和皮岛存在的价值也就微乎其微了。后金早就跟蒙古王公搞了联盟，可以借道草原绕过山海关进入中原，但是为啥一直没这么干？因为背后有毛文龙和皮岛在哪儿虎着呢。如果皇太极离开大本营，毛文龙就会直捣后金老巢，把留守的辫子军一窝端了。所以迟迟未动。毛文龙跟袁崇焕的关系就如楚汉战争时期刘邦和彭越的关系，刘邦正面硬刚，彭越背后袭扰，项羽最终不能拼出全力收拾刘邦。
但是毛文龙和袁崇焕却不和。其实不和很正常，大家互不统属，都是朝廷命官，我为啥听你的。这么一来，毛文龙就打乱了袁崇焕的全盘计划。他正在前面跟皇太极谈和呢，后面毛文龙就给来一下子，这还怎么谈。所以为了议和大局，袁崇焕一时意气用事，把毛文龙杀了。杀了之后倒逼崇祯承认既成事实。崇祯其实一直窝着一口气。
第三，皇太极万里偷袭北京城。这成了袁崇焕之死的致命一击。袁崇焕受了尚方宝剑，全权防辽，崇祯顶住重重压力，给他站台，他还擅自杀死毛文龙，满朝文武早就腹诽满天飞了。现在忽然北京城外来了一帮辫子军，烧杀抢掠无恶不作，朝廷却只能眼睁睁看着无法可想，这种局面就是崇祯也扛不住。再说了崇祯此时对他已经失望了。金庸把岳武穆比作袁督师，给出八字总结：当时倚之何甚，后来何酷！
而且袁崇焕千里回援时处置也失当，一到北京城下就要求入城修整，当时人心惶惶，谁知道你跟皇太极到底咋回事。关键是，有你袁崇焕守着山海关，皇太极是怎么来到北京城的。后来知道是从蒙古草原绕道，但是当时不清楚啊。因此崇祯当然是拒绝他的军队入城，并且让他赶紧跟后金军队干一仗，自证清白。袁崇焕跟皇太极打了一仗，皇太极眼看大明四面八方的勤王军队陆续而来，生怕被包了饺子，赶紧撤了。
袁崇焕被下狱，其实崇祯并不想杀他，因为各方面证据都表明，袁崇焕不是乱臣贼子，没有反心。但是满朝文武却没有几个大佬替他说话，偶有几个说话的还没有啥分量。因为被袁崇焕杀死的毛文龙是东林党人，而朝堂上东林党人势力正大。袁崇焕杀死毛文龙，东林党人正憋着一口气呢，现在好容易抓住报仇的机会，当然不会轻易放过。
袁崇焕的案子审了三个月，最终以私通后金之罪被凌迟处死。归根结底，他是死于党争。袁崇焕之死寓意着大明王朝气数已尽，大明王朝的最终覆灭，就是亡在了党争上。
至于后来清人编修《明史》，说什么崇祯中了皇太极的反间计，把国之长城袁崇焕杀死了，这就有点步子迈得太大，扯着蛋了。