正觉寺前身是水月庵，《红楼梦》中写到贾宝玉家有三座家庙：铁槛寺、水月庵和栊翠庵，经考证此三座寺庙原型乃《红楼梦》作者曹雪芹曹家的家庙，1926年胡祥翰所著《金陵胜迹志》说：“正觉寺，初名水月庵，在太平桥南。”由此可见正觉寺有着悠久的历史，香火常年旺盛。1928年南京市政府在正觉寺左近拆除城墙，开辟了武定门，在抗日战争时遭到日军极大破坏，1958年拆除建立新华玻璃厂。
南京市民在正觉寺纪念碑前情绪激动
佛门本是清净地，为何僧众遭屠杀？1937年12月13日侵华日军攻入南京城，古城南京一场浩劫已经不可避免，惨无人道的日军发动了震惊世界的南京大屠杀，没想到的是连佛门清净地的正觉寺也未能幸免，全寺僧众惨遭屠戮。侵华日军这种赤裸裸的反和平、反人类罪行永远不能原谅！！！
1937年12月日军侵占南京后，公然违反国际公约，大规模搜捕和屠杀俘虏，任意屠杀手无寸铁的平民，中国民众被逼四处逃难，庵堂庙宇收留了大批难民，南京正觉寺亦有难民至此藏身。13日下午，日军中岛部队一部由武定门进城闯入正觉寺，可怜寺内同胞手无寸铁，面对全副武装、兽性大发的日本军队毫无还手之力，只能任人欺凌，任其宰割。正觉寺惨案唯一幸存者时任住持莲华曾于1946年7月18日呈南京军事法庭称：“本寺僧道慧光等15名(后有补充两人，考证为难民)均看守寺院，被日寇中岛部队集体均以步枪射死、或用刺刀戳杀。并有不知姓名躲难者三十余名，亦在本寺空地遭屠杀，但物用东西均损失，被掠一空，不可胜计。”这段史料，成为如今所见碑文的依据。
最后我希望我们永远记着：在南京城，在中国大地，曾发生过这样令人痛心的惨剧，曾发生过灭绝人性的大屠杀。历史已经是历史，但我们要牢记国耻！保卫和平！振兴中华！
本文资料来源：中国档案报