陆令萱出身于八大鲜卑高门之一的步六孤氏（即陆氏），在西魏将领骆超投降东魏后嫁之为妻。她与骆超生一子提婆。不过后来骆超谋反伏诛，陆令萱也被迫入宫为奴。
陆令萱被分配给长广王高湛的儿子高纬当乳母。高纬称她为"乾阿你"、"姊姊"（北齐时称母亲为"姊姊"），高纬之母胡氏也对她很是赏识。北齐太宁元年（561），高演病死，其弟高湛继承帝位，是为武成帝。
其后高湛封胡氏为皇后，立6岁的高纬为皇太子。陆令萱的地位也随之发生了变化。由于她抚养的是皇太子，也就是未来的皇帝，因此她对高纬更是百般献媚。武成帝和胡皇后看到皇太子在陆令萱的扶养下，长得茁壮懂事，特别高兴，对陆令萱也更加恩宠，封她为郡君。
北齐天统五年（569），太上皇高湛病死，后主临政，身为皇帝乳母的陆令萱权力也越来越大。她成为了宫中一切事物的总管，在后宫占有举足轻重的地位。她的权欲与胡太后的权欲逐渐形成了难以调和的矛盾，二人都想把小皇帝控制在自己手中，于是在暗中开始了争夺权势的角逐。
在后妃的废立上。高纬继帝位时，太上皇高湛出于政治原因，为他选择了执掌三军的太尉斛律光的女儿为妻子，并立为皇后。可当小皇帝逐渐长大，却喜欢上了皇后带来的侍婢穆黄花。陆令萱知道高纬宠爱穆黄花，便收她作养女，而穆黄花也深知陆令萱与高纬的关系，做陆氏养女正合心愿，两人一拍即合，相互利用。
武平元年（570），穆黄花生下皇子高恒。陆令萱一面让高纬封穆黄花为弘德夫人，一面设计把高恒过继给斛律皇后为养子，使高恒被立为太子。儿子成了太子，穆夫人对陆令萱更加感激不尽，二人关系也更加亲密。
武平二年（571），胡太后的淫荡丑事被暴露出来，后主大怒，把胡太后幽禁于北宫。从此，胡太后在皇帝眼中的地位一落千丈，而取而代之的正是陆令萱。野心膨胀的陆令萱想做太后，不过最终在百官的阻挠中作罢。随后，陆令萱的手慢慢伸向前朝。
武平三年（572），陆令萱指使祖珽和自己的儿子穆提婆诬陷左丞相斛律光，使他被杀。不久，斛律皇后也被废黜。在陆令萱和穆黄花的合谋下，穆黄花成为了左皇后，胡太后的势力也进一步被削弱。
次年，后主立穆夫人为皇后。因为陆令萱是穆皇后之母，所以号称"太姬"，视一品，班列在长公主之上。至此，陆令萱终于握牢了皇宫中的最高权力。
后宫得势，陆令萱也没放下前朝。她在朝中培植党羽，收和士开、高阿那肱为养子。其子穆提婆也极力讨好后主，被委以重任。祖珽看到陆令萱深得皇帝的宠信，操纵朝政，便也投靠了陆令萱。
陆令萱等人先后除去了朝中反对她的重臣高叡、高俨、斛律光等人，使朝权完全控制在他们手中。他们为所欲为，争权夺势，祸乱国家，使朝政更加腐败。
祖珽自身势力不断增长，渐渐与陆令萱不相上下，陆令萱便与之展开了一场争权夺势的斗争。她利用自己控制后宫这一有利条件，不久就战胜祖珽，使祖珽失势，罢免了他侍中等职，将他贬为徐州刺史。接着陆令萱使穆提婆接替祖珽，为尚书左仆射，集军政大权于一身。
隆化元年（576），北周大举进攻北齐，齐军节节溃败，后主却在此时带着爱妃冯淑妃等去打猎。战报频频传来，左丞相高阿那肱压着不报，致使贻误战机，齐兵惨败。后主无奈之下带着冯淑妃、穆提婆等出逃，并慌忙传位于八岁的太子高恒。穆提婆见大势已去，投降北周。北周为了动摇北齐军心，封他为柱国大将军，宜州刺史，从此，北齐的将领不断降周，加速了北齐的灭亡。陆令萱在看见自己的儿子穆提婆降周之后，被迫自杀。
后有人将陆令萱视为女丞相，其实并不准确。陆令萱所担任过的最高官职是女侍中。女侍中乃北魏宫廷女官官名，《北史》中记载，女侍中掌宫内诸事，次于内司，与作司、大监相当于外廷二品官的品级。换句话说，陆令萱并不是正规外廷官员，因而算不上是丞相。
至于人们说她是亡国妖女，则是因为她本为一介奴婢，却陷害皇族、残杀忠良、蛊惑皇帝、惑乱朝纲，致使北齐人才凋零，加速了国家的灭亡。有着这样的作为，"亡国妖女"自然成了人们对她的定义。