崇正书院位于清凉山东麓岗阜上，明嘉靖年间修建。其时南京的讲学之风盛行，督学御史耿定向亦在清凉山建立书院，取名“崇正”。“崇正”二字取自宋代丞相文天祥“天地有正气”之句，含有推崇正统的儒家学说之意。耿定向亲任主讲，学生焦竑管理日常事务。徐光启、汤显祖、方苞等都先后在此讲学。
耿定向去世以后，万历七年正月，时任首辅的张居正奏毁书院。耿定向的学生们为悼念恩师，改书院为祠堂，题记曰“耿天台先生讲学处”。万历十一年，祠堂改为“云巢庵”。清乾隆年间，庵堂毁于火灾。至嘉庆初年，僧人展西募资修复，作为佛事活动场所,仍称其为“崇正书院”，并筑一新楼，名为“江天一线阁”。咸丰年间，书院又毁于战火。同治四年，僧人可曾募资重建，更名“小九华寺”。小九华寺供奉地藏王菩萨，相传地藏王肉身曾在此坐禅。每年七月地藏王诞辰日，居民倾城而出，上山进香。“清凉问佛”为明清“金陵四十八景”之一。“文化大革命”期间，“小九华寺”被毁坏殆尽。
1980年，南京市政府拨款复建今“崇正书院”，并上移数十米,南京工学院著名建筑学家杨廷宝教授亲自指导设计方案，历时两年竣工。重建后的祟正书院建筑面积达1350多平方米，殿堂依山而建，坐北朝南，分为三进，与隔山的扫叶楼遥相呼应，蔚为壮观。建筑风格体现传统江南园林雅致的庭院特色，是公园内最大的一组仿古建筑群。
崇正书院依山势分为三进，前两进两侧有游廊相连。一殿与二殿由回廊相连接，廊壁墙上开各式花窗，东侧廊壁嵌有两块石碑。二殿与三殿间是开阔青石平台，其东侧有一组山水小景。
三殿是公园的最高处，又称“清凉胜境”,这是一座高6米、宽16米、深20米的重檐翘角古建筑，殿前有水池与石刻的流水龙头，西侧是二层的“江天一线阁”，东侧有假山、水池、六角亭等错列点缀其间。大厅四壁精工画就的四幅大型壁画再现了南京“春牛首”、“夏钟山”、“秋栖霞”、“冬石城”四季景色。登楼可以遥望书院东墙外驻马坡、翠薇园等景点，放眼四周，一片苍翠，抬头远望，方圆百里尽收眼底，令游人产生无限遐思。
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