读过《鹿鼎记》的都知道，《鹿鼎记》的开篇就写了庄廷鑨明史案:浙江湖州富户庄廷鑨因病眼盲,偶然得到邻里朱相国（明末首辅大学士朱国桢）孙子抵押的其祖父遗稿，便欲效仿左丘明写就一部史书。于是以朱相国的明史遗稿为底本，又延请一些江南才子编辑修订,并增补了崇祯朝的一些历史。后来此书以《明书辑略》（实际是《明书》）刊行问世。
此书中在满清入关之后仍奉以南明年号,在提到明末建州女真的事时多有扬明抑清意思(如呼努尔哈赤为“努酋”,称清为“建夷”)。此书被罢官知县吴之荣得到，并告于湖州知府处,但庄家以重金贿赂相关官员得免。吴之荣并不罢休,继续鼓噪,惊动秉政权臣鳌拜,遂兴大狱。
康熙二年(公元1663年)五月,庄廷鑨明史案结案,七十余人被处死,其中十四人凌迟,受本案牵连者则有千余人。《明史辑略》被销毁。
明史案牵涉到伊璜先生查继佐。庄廷鑨仰慕查继佐,擅自将其名署于书上（“卷端罗列诸名士，盖欲借以自重。故老相传，二百余人中，多半不与编纂之役”）,所以被牵连进此案。但査继佐得在此狱中幸免成为三位幸存者之一。
金庸在《鹿鼎记》中说是查继佐与大力将军吴六奇交好,吴六奇为其周旋的缘故。其实不仅金庸，早在清代钮琇的《觚剩》一书中有《雪遘》一文，就记载查继佐独酌赏雪，见一乞丐破衣烂衫却气宇轩昂，便招其同饮，后又赠寒衣，勉其自强。入清后，此丐积军功官至提督，专诚邀查赴任所，后赠宅邸以报当年一酌之恩，并送一座名为英石峰的奇石给查继佐 ，此石改名为皱云峰，后世誉为江南三大名石。
蒲松龄《聊斋志异》有《大力将军》一则，叙查伊璜遇吴六奇，称吴六奇为“吴六一”：“后十余年，查犹子令于闽，有吴将军六一者，忽来通谒” ，记载查继佐在一庙内看见吴六奇单手可以升起庙内的大钟，并取出藏在钟内的剩饭，惊为奇人，认为他在这个乱世应该报效社会，使其异能得以发挥。尔后，中国改朝换代，而吴六奇官至水陆提督，衣锦荣归后向查继佐道谢。
除此之外，清代徐珂的《清稗类钞》、王士祯的《香祖笔记》、蒋士铨的《雪中人》、《铁丐传》，以及郑昌时的《韩江闻见录》等作品中均有相似的的记载描述。
其实这不符合历史事实。
査继佐自己在《查继佐年谱》否认了此事:“葛如,方布衣野走,世传余有一饭之恩,怀之而思报。其实无是也。是则公在时已传其事,故公为之辨。”可见这一说法并不属实。
实则査继佐得以幸免另有原因，即查继佐先出首检举了此书。查继佐被认为是《明史》一案首告者在历史中多有记载。
査继佐得知庄廷鑨慕其名而擅自将其列入《明史》的参订名单后吓得心胆俱裂，为求自保，先向学道检举告发，但学道并未在意此事。后来，归安知县吴之荣再次告发，此书终引起清廷关注，遂大兴文字狱，相关人等被捕杀殆尽。
查继佐门人沈起所撰《查东山先生年谱》记载应属最为客观可靠：“清顺治十八年，庄史案将发时，陆子丽京(圻,字景宣,钱塘人)告先生曰:‘南浔有庄鑨者(字子相,湖州人,贡生)作《明史纪略》,参阅姓氏首列东山(即查继佐),次范子文白(骧),次及某,共十八人。(日记作廿一人)作序者李霜回(令皙)也。’先生殊骇,所谓大警者定以此矣。拟牒当事,从刀笔家称此书不工。先生曰:‘吾三人不工,此书是仇庄,非善。’因投牒督学,手着四六体,中一联:‘倘或犯于所忌,间有非所宜言。’并入范、陆名于牒,范、陆不知也。率此一联,生三家三百馀口。”
不过查继佐和吴之荣检举的目的不同，査是为了自保撇清关系，吴则是为了以此献媚升官。
值得一提的是查继佐有一本史学著作《罪惟录》流传后世（据说此书一直藏在墙壁内，辛亥革命后始见于世）。而《罪惟录》据说参考了《明书》。《罪惟录》中,查继佐坚持反清立场,认为自己是明朝人。书中也都用明朝年号,康熙三年写成永历十八年。
查持反清立场并不奇怪。他是崇祯六年（1633年）举人。后随明鲁王监国绍兴，被授兵部职方。在浙东地区亲自率军抗击清军。顺治三年（1646年）清军攻占绍兴，隐居海宁硖石东山万石窝，改号为左尹非人。但他又不是迂腐读书人，懂得保身，也是能逃脱此劫原因。