大报恩寺位于江苏省南京市秦淮区中华门外，是中国历史上最为悠久的佛教寺庙，其前身是东吴赤乌年间(238─250年)建造的建初寺及阿育王塔，是继洛阳白马寺之后中国的第二座寺庙，也是中国南方建立的第一座佛寺，中国的佛教中心，与灵谷寺天界寺并称为金陵三大寺，下辖百寺。
大报恩寺是明成祖朱棣为纪念明太祖朱元璋和马皇后而建，明永乐十年(1412年)于建初寺原址重建，历时达19年，耗费248.5万两白银，十万军役、民夫。大报恩寺施工极其考究，完全按照皇宫的标准来营建，金碧辉煌，昼夜通明。
大报恩寺琉璃宝塔复原图
整个寺院规模极其宏大，有殿阁30多座、僧院148间、廊房118间、经房38间，是中国历史上规模最大、规格最高的寺院，为百寺之首。大报恩寺是南京历史最为悠久的佛教寺庙，千余年间，屡废屡建，寺名亦屡屡更易，大报恩寺塔立于南朝寺庙发祥地和江南佛教中心。
“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中"，杜牧这两句诗中"四百八十寺"的起源就是大报恩寺，大报恩寺的历史从孙吴开始，历经各朝，有过长干寺、天禧寺等名字，大报恩寺塔的前身则是阿育王塔。咸丰四年(1854年)，大报恩寺塔被毁，关于被毁的原因有两种说法。一说，清军攻克雨花台后，太平军为防清军占据大报恩寺对城内造成威胁，太平军先下手为强，遂"用火药轰之，复挖空塔座下基地，数日塔倒，寺遭焚毁"。另一说则是1856年，正逢天京之变，北王韦昌辉因为担心翼王石达开占领城外的琉璃塔，架炮攻击城内，派兵一面在塔下挖地道引爆炸药，一面用火炮直接轰击塔身，最终使琉璃塔化作一堆瓦砾，而大报恩寺的其他建筑也被由此引发的大火全部烧毁。也有人认为是曾国藩下令炸毁的。
2008年8月7日，在南京大报恩寺遗址出土的铁函中发现了七宝阿育王塔等一系列世界级文物与圣物，内藏"佛顶真骨"。
2010年6月12日上午9时15分，大报恩寺阿育王塔中佛顶真骨千年后重现人间，这是世界现存唯一一枚佛祖真身顶骨舍利。佛顶骨舍利是佛祖释迦牟尼涅盘后留下的最为珍贵的头顶骨真身舍利子，是佛教中无上珍贵的圣物。当时盛开这枚舍利的共有五重容器，从外向内依次是石函、铁函、阿育王塔、金棺银椁和金棺。
2010年6月12日，南京大报恩寺佛顶骨舍利盛世重光系列活动在栖霞寺隆重举行，佛顶骨舍利在栖霞寺法堂供奉的一个月里，有近20万人前往瞻礼。
2011年6月，被评为“2010年度全国十大考古新发现"
大报恩寺塔琉璃构件，现藏于南京博物馆
大报恩寺遗址公园